Bagi melancarkan fungsi-fungsinya, MPFN dibantu oleh oleh tiga (3) Jawatankuasa di bawahnya, iaitu:
i) Jawatankuasa Kerja MPFN
Membincangkan kertas-kertas kerja yang telah diluluskan oleh Jawatankuasa Teknikal MPFN dan Jawatankuasa Kawal Selia MPFN sebelum diangkat untuk pertimbangan MPFN.
Peranan Jawatankuasa Kerja ini adalah untuk membantu Majlis menyelaras dan meneliti semua perkara di bawah bidang tanggungjawab Majlis. Oleh itu, ahli jawatankuasa hendaklah membincangkan dan membuat pengesyoran terhadap sesuatu perkara berkenaan sebelum dibawa untuk pertimbangan dan keputusan oleh Majlis (Asas Rujukan MPFN).
Dipengerusikan oleh Ketua Setiausaha Kementerian Pembangunan Kerajaan Tempatan (KPKT).
ii) Jawatankuasa Teknikal MPFN
Peringkat pertama pembentangan kertas dasar untuk penilaian secara terperinci dalam aspek prinsip-prinsip perancaangan bagi mendapatkan kelulusan/ persetujuan/ makluman.
Dipengerusikan oleh Ketua Pengarah Perancangan Bandar dan Desa (PLANMalaysia).
Diurussetiakan oleh Bahagian Rancangan Fizikal Negara, Jabatan Perancangan Bandar dan Desa (PLANMalaysia).
iii) Jawatankuasa Kawal Selia MPFN
Peringkat pertama pembentangan bagi permohonan projek-projek pembangunan mega dan berkepentingan negara untuk mendapatkan nasihat MPFN di bawah subseksyen 22(2A), perenggan 2A(2)(b) atau seksyen 20B Akta 172. Melibatkan penilaian secara terperinci dari segi prinsip-prinsip perancangan, dasar-dasar dan garis panduan-garis panduan yang berkaitan.
Dipengerusikan oleh Ketua Pengarah Perancangan Bandar dan Desa (PLANMalaysia).
Diurussetiakan oleh Bahagian Perundangan dan Kawal Selia Perancangan, Jabatan Perancangan Bandar dan Desa (PLANMalaysia).
Asas Rujukan MPFN yang telah diluluskan oleh MPFN pertama pada 23 Jun 2003 telah menetapkan bahawa berikut adalah panduan bagi perkara-perkara yang memerlukan pertimbangan dan tindakan Majlis:
Perkara-perkara dasar
Ia meliputi, di antara lain, dasar berkaitan perancangan bandar dan desa dan dasar-dasar berkenaan memperelokkan persekitaran dari segi fizikal, iaitu:
dasar baru dan perubahan dasar;
dasar penting yang melibatkan beberapa Kementerian yang memerlukan penyelarasan termasuk dasar-dasar yang mungkin bercanggah atau bertindih;
perkara-perkara yang mungkin menghalang pelaksanaan dasar-dasar; dan
perkara-perkara yang berkaitan perancangan bandar dan desa yang menyentuh kepentingan negara.
Perkara-perkara yang berkaitan Rancangan Fizikal Negara (RFN)
Ini meliputi:
arahan kepada Ketua Pengarah Perancangan Bandar dan Desa untuk menyediakan RFN;
menentukan kandungan RFN;
arahan untuk berunding dengan mana-mana pihak berkuasa atau badan lain semasa menyediakan RFN;
arahan untuk mengkaji semula RFN;
laporan kepada Majlis secara berkala tentang pelaksanaan RFN; dan
dasar-dasar terbitan daripada RFN seperti Dasar Perbandaran Negara, Dasar Perancangan Fizikal Desa Negara, Rancangan Fizikal Zon Persisiran Pantai Negara dan Pelan Induk Rangkaian Ekologi Central Forest Spine.
Perkara-perkara yang berkaitan Rancangan Struktur Negeri (RSN)
Ia meliputi:
arahan untuk membuat pemeriksaan baharu keseluruh Negeri;
menetapkan perkara-perkara yang hendak diperiksa;
arahan untuk membuat pemeriksaan baru ke atas sebahagian Negeri sahaja;
menetapkan tempoh untuk menyedia dan menyampaikan laporan pemeriksaan kepada JPN;
perundingan dengan Negeri bagi mendapatkan nasihat dan arahan Majlis dalam menimbangkan draf RSN;
membuat keputusan terhadap draf RSN apabila Jawatankuasa tidak meluluskan draf RSN tersebut dalam tempoh enam bulan; dan
arahan kepada Pengarah Negeri semasa merumus cadangan-cadangan pengubahan rancangan struktur.
Perkara-perkara yang berkaitan penubuhan Jawatankuasa Perancang Wilayah (JPW)
Ini meliputi:
penubuhan JPW yang melibatkan kawasan yang terletak di dalam dua Negeri atau lebih, selepas berunding dengan Pihak Berkuasa Negeri (PBN) yang berkenaan; dan
mendapatkan laporan dan maklumat yang berhubung dengan aktiviti-aktiviti JPW.

Perkara-perkara yang dirujuk oleh Kerajaan Negeri atau Kerajaan Persekutuan
Perkara-perkara berkaitan perancangan bandar dan desa yang dirujuk oleh Kerajaan Negeri. Ini termasuk permohonan kebenaran merancang di bawah Seksyen 22(2A) Akta 172, yang mana JPN hendaklah meminta Majlis memberikan nasihatnya.
Ini juga termasuk permohonan untuk mendapatkan nasihat di bawah Seksyen 20B sama ada oleh Kerajaan Negeri atau Kerajaan Persekutuan.
Perkara-perkara yang dikemukakan oleh sesebuah jawatankuasa
Jawatankuasa yang dimaksudkan di sini termasuklah Majlis atau Jawatankuasa yang ditubuhkan secara pentadbiran atau di bawah undang-undang, dan juga laporan-laporan dari Jawatankuasa Teknikal atau Pasukan-pasukan Petugas.
Perkara-perkara berkaitan Akta Perancangan Bandar dan Desa 1976 (Akta 172)
Cadangan untuk meminda Akta Perancangan Bandar dan Desa 1976 (Akta 172) hendaklah terlebih dahulu dibentang di Majlis ini sebelum dibawa ke Jemaah Menteri untuk mendapatkan nasihat Majlis;
Cadangan untuk meminda mana-mana undang-undang lain yang menyentuh perancangan bandar dan desa juga hendaklah dibawa ke hadapan Majlis untuk mendapatkan nasihat; dan
Kaedah-kaedah yang disediakan di bawah Akta Perancangan Bandar dan Desa 1976 (Akta 172) oleh Majlis hendaklah dibentang di mesyuarat Majlis.
Garis Panduan, Piawaian dan Peraturan Perancangan
Garis panduan, piawaian dan peraturan yang berkaitan perancangan bandar yang disediakan bagi tujuan keseragaman di antara Negeri-negeri hendaklah dibentang di mesyuarat Majlis.
Perkara-perkara yang diarah oleh Pengerusi ataupun Majlis
Apa-apa perkara yang diarah oleh Pengerusi ataupun Majlis untuk mendapatkan pertimbangan atau pandangan Majlis boleh dikemukakan untuk dibentang di mesyuarat Majlis; dan
Apa-apa perkara berkaitan pelaksanaan Majlis.
Terdapat lima (5) kategori kertas kerja MPFN iaitu:
Kertas Untuk Kelulusan MPFN
Kertas Dasar berkaitan Rancangan Fizikal Negara untuk mendapatkan kelulusan. (Subseksyen 6B(1), Akta 172).
Kertas Untuk Persetujuan MPFN
Kertas yang dikemukakan bagi mendapatkan pertimbangan dan persetujuan mesyuarat (seperti DRSN).
Kertas Untuk Nasihat MPFN
Kertas yang dikemukakan untuk mendapat nasihat (biasanya melibatkan projek-projek mega) seperti berikut:
[Perenggan 2A(2)(b), Akta 172]
Merujuk kepada fungsi Majlis untuk menasihati Kerajaan Persekutuan atau Kerajaan mana-mana Negeri, mengenai perkara yang berhubungan dengan perancangan bandar dan desa yang dikehendaki di bawah Akta 172.
[Seksyen 20B, Akta 172]
Memperuntukkan supaya setiap jabatan atau agensi Kerajaan Persekutuan dan Kerajaan Negeri untuk mendapatkan nasihat Majlis mengenai cadangan pemajuan yang berhubungan dengan –
[Subseksyen 22(2A), Akta 172]
Kertas Untuk Makluman MPFN
Kertas yang dikemukakan akan dibentangkan untuk makluman kepada MPFN.
Alert Paper MPFN
Penyediaan dan pembentangan alert paper kepada MPFN adalah sangat signifikan dan bertujuan untuk:
Alert Paper hendaklah menyentuh isu bersama (common issues) di kebanyakan negeri seperti:
Alert Paper boleh dicadangkan/ disediakan oleh:
MPFN mula dilaksanakan sejak 23 Jun 2003; dipengerusikan oleh Perdana Menteri Keempat.
Sebanyak 40 mesyuarat telah diadakan sehingga 2022 melibatkan 264 kertas kerja, melibatkan:
“20B. (1) Tanpa menjejaskan seksyen 20A, hendaklah menjadi kewajipan tiap-tiap jabatan atau agensi Kerajaan Persekutuan dan Kerajaan Negeri untuk mendapatkan nasihat Majlis mengenai cadangan pemajuan yang berhubungan dengan–
(2) Bagi maksud mendapatkan nasihat Majlis di bawah subseksyen (1), jabatan atau agensi Kerajaan Persekutuan dan Kerajaan Negeri hendaklah mengemukakan kepada Majlis cadangan pemajuan itu bersama dengan suatu laporan penilaian impak sosial dan laporan lain sebagaimana yang ditentukan oleh Majlis.”
TIADA sebarang kertas pernah dikemukakan di bawah perenggan 22(2A)(c) iaitu cadangan pemajuan yang melibatkan puncak atau lereng bukit, dalam kawasan yang telah ditetapkan sebagai kawasan alam sekitar yang sensitif (KSAS) dalam suatu rancangan pemajuan.
64 kertas makluman; dan
13 kertas Alert Paper, seperti berikut: